1. Văn phòng Sở

Chức năng: Văn phòng tham mưu giúp Giám đốc Sở và tổ chức thực hiện công tác tổng hợp, đầu mối điều phối và phối hợp các hoạt động của Sở theo chương trình, kế hoạch công tác đã được phê duyệt; tổ chức thực hiện công tác tổ chức bộ máy, nhân sự; quy hoạch cán bộ; công chức, công tác tài chính kế toán; công tác thi đua khen thưởng, kỷ luật; công tác cải cách hành chính, ứng dụng công nghệ thông tin; công tác hành chính quản trị; văn thư lưu trữ; công tác thực hành tiết kiệm chống lãng phí; thực hiện quy chế dân chủ cơ sở; xây dựng cơ quan văn hóa, phòng cháy chữa cháy, công tác an ninh-quốc phòng và dân quân tự vệ.

2. Phòng Lãnh sự - Người Việt Nam ở nước ngoài

            Chức năng: Phòng Lãnh sự và Người Việt Nam ở nước ngoài tham mưu về công tác lãnh sự và bảo hộ công dân; công tác tổ chức và quản lý đoàn ra, đoàn vào; công tác người Việt Nam ở nước ngoài; công tác biên giới lãnh thổ quốc gia; công tác lễ tân đối ngoại; bồi dưỡng kiến thức nghiệp vụ đối ngoại; công tác pháp chế; công tác xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật về công tác ngoại vụ.

3.  Phòng Hợp tác quốc tế

Chức năng: Phòng Hợp tác quốc tế tham mưu về công tác hợp tác quốc tế, hội nhập quốc tế; thiết lập quan hệ hợp tác hữu nghị giữa Phú Yên với các đối tác, địa phương nước ngoài; công tác đối ngoại Đảng, ngoại giao kinh tế, ngoại giao văn hóa, đối ngoại nhân dân; công tác phi chính phủ nước ngoài; tổ chức và quản lý hội nghị, hội thảo; ký kết và thực hiện thỏa thuận quốc tế; công tác  thông tin đối ngoại; công tác thanh tra.